Zgodnie z przepisami ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju projekty systemowe polegają na dofinansowaniu realizacji zadań publicznych przez podmioty działające na podstawie odrębnych przepisów, w zakresie określonym przepisami prawa i dokumentami strategiczno-programowymi przyjętymi przez Radę Ministrów. W ramach PO KL, projekty systemowe (nie dotyczące Pomocy Technicznej) mogą być realizowane przez beneficjentów wskazanych w Szczegółowym Opisie Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.
Warunkiem przyjęcia do realizacji projektu systemowego jest jego zgodność z odpowiednim Planem działania. Do realizacji może zostać przyjęty jedynie ten typ projektu systemowego, którego zwięzły opis znajduje się w Planie działania.
Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego realizowało dotychczas w ramach Priorytetu IV Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki, w ramach Poddziałania 4.1.2 „Zwiększenie liczby absolwentów kierunków o kluczowym znaczeniu dla gospodarki opartej na wiedzy” oraz Poddziałania 4.1.3 „Wzmocnienie systemowych narzędzi zarządzania szkolnictwem wyższym” 14 projektów systemowych, z tego 6 projektów jest już zakończonych.
Dodatkowo, w roku bieżącym, w ramach Działania 4.2 Rozwój kwalifikacji kadr systemu B+R i wzrost świadomości roli nauki w rozwoju gospodarczym Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki zostały zawarte 2 umowy o dofinansowanie projektów systemowych.
