Od 1 stycznia 2010 roku weszła w życie ustawa o finansach publicznych z 27 sierpnia 2009 r., która wprowadziła fundamentalne zmiany w systemie wdrażania Funduszy Europejskich. Dotyczą one przede wszystkim systemu finansowania realizacji programów, ale również systemu instytucjonalnego. Nowe przepisy ustanawiają instytucję Płatnika, którego rolę pełni Bank Gospodarstwa Krajowego (BGK).
W nowym systemie środki UE są wyłączone z budżetu państwa. Utworzony został budżet środków europejskich, przeznaczony do finansowania programów. Pieniądze z tego budżetu są przekazywane bezpośrednio do beneficjenta w formie płatności (a nie dotacji rozwojowej) wypłacanej przez Bank Gospodarstwa Krajowego. Wypłata uruchamiana jest na podstawie zlecenia wystawianego przez instytucję podpisującą z beneficjentem umowę o dofinansowanie.
Nowa ustawa o finansach publicznych przewiduje, że współfinansowanie krajowe, czyli część dofinansowania projektu pochodząca z budżetu państwa przekazywana jest beneficjentowi w formie dotacji celowej przez właściwego dysponenta części budżetowej, bezpośrednio albo za pośrednictwem BGK. W MNiSW przyjęto tą pierwszą możliwość, a więc przekazywanie dotacji celowej do Instytucji Wdrażającej, która następnie wypłaca te środki beneficjentowi.
Nowy system wprowadza zatem zasadę, że beneficjent otrzymuje środki na dofinansowanie z dwóch źródeł: środki UE wypłacane przez BGK w formie płatności oraz ewentualne współfinansowanie krajowe z budżetu państwa w formie dotacji celowej wypłacanej przez BGK lub bezpośrednio przez właściwego dysponenta (lub Instytucję Wdrażającą).
